Accusati dell'attentato terroristico al Cremlino, l'agente operativo dell'IMF Ethan Hunt e l'intera Agenzia vengono sconfessati e il Presidente avvia il Protocollo Fantasma. Senza più risorse e sostegno, Ethan deve trovare il modo per riscattare il nome della propria agenzia e prevenire un altro attacco. A complicare le cose, Ethan è costretto a imbarcarsi in questa missione con una squadra di compagni fuggitivi dell'IMF, dei quali non conosce del tutto le personali motivazioni.